优化序列在相似度97%的盐渍水平下进行OTU聚类，从表2可以看出，辣椒盐渍线椒和盐渍米椒的真菌真菌OTUs数分别为304个和18个，盐渍线椒中真菌的多样OTU数分别大于盐渍米椒真菌的OTU数；盐渍线椒和米椒真菌OUT值小于ACE值和Chao1值，说明在盐渍线椒和米椒中可能存在很多未知的性分析微生物资源；盐渍线椒细菌的ACE和Chaol指数大于盐渍米椒，Shannon指数小于盐渍米椒，盐渍Simpson大于盐渍米椒，辣椒说明盐渍线椒的真菌真菌丰富度（richness）大于盐渍米椒，盐渍米椒的多样真菌均衡度（Specieseveness）高于盐渍线椒。
盐渍线椒和米椒的真菌18SrDNA基因经过焦磷酸测序和分类学分析后，在门分类水平，盐渍相对丰度大于0.01%的辣椒真菌见图2。盐渍线椒已知分类的真菌真菌可归属到2个门、13个纲、多样17个目、性分析31个科、45个属、87个种。盐渍米椒已知分类的真菌可归属到1个门、1个纲、2个目、2个科、2个属、1个种。其中盐渍线椒真菌门类（phylum）主要包括：子囊菌门（Ascomycota，73.63%）、担子菌门（Basidiomycota，23.42%），其它（Unclassified）占真菌序列总数的2.95%。盐渍米椒只有1个已知分类真菌门类：子囊菌门（Ascomycota，99.96%）。
在纲水平，盐渍线椒和盐渍米椒相对丰度大于0.01%的真菌见图3。从图3可以看出，在纲水平，盐渍线椒中相对丰度大于0.01%的真菌有酵母纲（Saccharomycetes，35.23%）、座囊菌纲（Dothideomycetes，29.78%）、银耳纲（Tremellomycetes，21.27%）、粪壳菌纲（Sordariomycetes，5.68%）、无分类（Unclassified5.22%）、柄锈菌亚门（Pucciniomycotina，1.72%）、锤舌菌纲（Leotiomycetes，0.43%）、伞型束梗孢菌纲（Agaricostilbomycetes，0.13%）、其它（Others，0.1%）、散囊菌纲（Eurotiomycetes，0.08%）、外担菌纲（Exobasidiomycetes，0.07%）、伞菌纲（Agaricomycetes，0.02%）；盐渍线椒中相对丰度大于0.01%的真菌有酵母纲（Saccharomycetes，99.89%）、无分类（Unclassified，0.11%）。
在目水平，盐渍线椒和盐渍米椒相对丰度大于0.01%的真菌见图4。从图4可以看出，在目水平，盐渍线椒中相对丰度大于0.01%的已知分类地位的真菌有酵母目（Saccharomycetales，35.23%）、格孢腔菌目（Pleosporales，22.82%）、银耳目（Tremellales，20.02%）、煤炱目（Capnodiales，6.75%）、小丛壳目（Glomerellales，5.15%）、担孢酵母目（Erythrobasidiales，1.58%）、线黑粉菌目（Filobasidiales，1.25%）、其它（Others，0.85%）、柔膜菌目（Helotiales，0.43%）、黑粉菌目（Agaricostilbomycetes_incertae_sedis，0.13%）、刺盾炱目（Chaetothyriales，0.08%）、锁掷酵母目（Sporidiobolales，0.08%）；盐渍米椒中相对丰度大于0.01%的已知分类地位的真菌有酵母目（Saccharomycetales，99.89%）、无分类（Unclassified，0.11%）。
在科水平，盐渍线椒和盐渍米椒相对丰度大于0.01%真菌见图5。在科水平，盐渍线椒中相对丰度大于0.01%的已知分类地位的真菌有毕赤酵母科（Pichiaceae，25.78%）、孢腔菌科（Pleosporaceae，22.23%）、有丝分裂银耳科（Mitosporic_Tremellales，18.15%）、有丝分裂酵母科（Mitosporic_Saccharomycetales，7.82%）、新球腔菌科（Davidiellaceae，6.27%）、未分类（Unclassified，5.42%）、其它（Others，4.72%）、小丛壳科（Glomerellaceae，4.4%）、银耳科（Tremellaceae，1.85%）、红担子科（Ery-throbasidiaceae，1.58%）、金丝酵母科（Debaryomycetaceae，0.95%）、酵母科（Saccharomycodaceae，0.15%）、有丝分裂伞型束梗孢菌亚纲（Mitosporic_Agaricostilbomycetidae，0.13%）、有丝分裂锁掷酵母科（Mitosporic_Sporidiobolales，0.08%）；盐渍线椒中相对丰度大于0.01%的已知分类地位的真菌有有丝分裂锁掷酵母科（Mitosporic_Sporidiobolale，93.49%）、金丝酵母科（Debaryomycetaceae，0.06%）、无分类（Unclassified，6.09%）、其它（Others，0.37%）。
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